השוק האירופי מהווה את שוק היעד המרכזי של ישראל ליצוא מוצרים חקלאיים טריים ומעובדים. מרבית הסחר החקלאי מתנהל במסגרת הסכם האסוציאציה, המעניק הטבות מכס עבור ייבוא/ייצוא בין ישראל למדינות החברות באיחוד האירופי.

המחלקה לחקלאות במשלחת ישראל לאיחוד האירופי משמשת כשלוחה חיונית של משרד החקלאות ופיתוח הכפר הישראלי, ומייצגת את אינטרסים של המגזר החקלאי הישראלי בתוך האיחוד האירופי.
לאורך שנים רבות, ישראל והאיחוד האירופי שמרו על קשרי סחר דינמיים במוצרים חקלאיים טריים ומעובדים. על מנת לשפר את הסחר הזה, שני הצדדים מחויבים להוריד חסמים, כגון מכסים וצעדים סניטריים ופיטוסניטריים (SPS).