האיחוד האירופי הוא שותף הסחר הגדול ביותר של ישראל, ויחסי הסחר בין ישראל לאיחוד האירופי מתנהלים על בסיס הסכם האסוציאציה.

משרד התעשייה והסחר במשלחת ישראל לאיחוד האירופי מקדם סחר ושיתופי פעולה טכנולוגיים בין ישראל לאיחוד האירופי.
בנוסף, המשרד מתאם עם מוסדות האיחוד האירופי בתחומים רחבים של עסקים ותחומים מסחריים, ומטפל בפניות מחברות, ארגונים וגופי ממשל בנושאים קשורים.
המשרד גם עוקב אחרי יוזמות חקיקתיות ותוכניות המשפיעות על התעשיות הישראליות ועובד בשיתוף פעולה הדוק עם מוסדות האיחוד האירופי כדי לפתור סכסוכים מסחריים.