המחלקה המדינית במשלחת ישראל לאיחוד האירופי מייצגת את ישראל אל מול המוסדות השונים של האיחוד האירופי הממוקמים בבריסל, בעיקר מול שירות החוץ של האיחוד האירופי, המועצה האירופית, והנציבות האירופית ופרלמנט האיחוד האירופי.
האיחוד האירופי וישראל חולקים היסטוריה משותפת, שמאופיינת בתלות הדדית גוברת ושיתוף פעולה. הם חולקים את אותם ערכים של דמוקרטיה, כבוד לחופש ולשלטון החוק, ומחויבים למערכת כלכלית בינלאומית פתוחה המבוססת על עקרונות השוק. חמשה עשורים של סחר, חילופי תרבויות, שיתוף פעולה פוליטי ומערכת מפותחת של הסכמים חיזקו את הקשרים הללו.
המשלחת שואפת לחזק את הסכם התשתית בין ישראל לבין הקהילה האירופית. יתרה מכך, המחלקה שואפת להכניס אלמנטים חדשים במסגרת שיתוף הפעולה הקיימת ברמות דו-צדדיות ורב-צדדיות, במטרה להדגיש את מערכת היחסים המיוחדת בין ישראל לאיחוד האירופי ברוח הצהרת אסן.