מחלקת המנהלה אחראית על כוח האדם, התקציב והלוגיסטיקה בנציגות.

מחלקות המנהלה בנציגויות ישראל אחראיות על גיוס עובדים, הכשרתם וניהולם השוטף, על העבודה התקציבית, הכספית, האדמיניסטרטיבית והלוגיסטית, וכן על הטיפול בנושאים משפטיים בכל התחומים שבהם עוסקת הנציגות. בראש המחלקה עומד/ת דיפלומט/ית מקצועי/ת משורות עובדיו של משרד החוץ, שכפוף/ה לראש/ת הנציגות ומשתתף/ת, בין היתר, גם במטלות דיפלומטיות ייצוגיות.