עיקר פעילות השגרירות מתחלקת לחמש מחלקות.
המחלקה הכלכלית
מחלקת הכלכלה מספקת שירותי ייעוץ ליצואנים ישראלים המכוונים לשוק הקרואטי ולמגזר העסקי הקרואטי המעוניין בשיתוף פעולה עם חברות ישראליות.
המחלקה לדיפלומטיה ציבורית והסברה
מחלקת יחסי הציבור והסברה מפיצה מידע על פעילות השגרירות ומדינת ישראל לציבור.
מחלקת מנהלה
מחלקת המנהלה אחראית לאיתור, הכשרה וניהול העובדים בנציגות וכן לניהול תקציב השגרירות ותחומי בלוגיסטיקה השונים.