המחלקה המדינית כפופה לראש הנציגות ולסגנו.

ועדה מייעצת זו אחראית על ניהול היחסים בין ממשלת ישראל לממשלת אנגולה, DRC, מוזמביק וסאו טומה ופרינסיפה, יצירת הסכמים מדיניים, פיתוח קשרים עם פקידי ממשל ומעקב אחר התפתחויות בתחום הפוליטי, במטרה. לייצר השפעה חיובית ביחסים הבילטרליים בין ישראל למדינות הנ"ל.