המחלקה לענייני פוליטיקה משתפת פעולה באופן הדוק עם משרד השגריר ומכסה מגוון עניינים פוליטיים.
המחלקה לענייני פוליטיקה בשגרירות ישראל בסלובקיה אחראית על תיאום פגישות עם נציגים רשמיים של הרפובליקה הסלובקית, מארגנת ביקורים רשמיים ויוצרת קשרים עם רשויות שונות בסלובקיה.