בשגרירות ישראל בפנמה קיימות מחלקות שונות: מחלקה קונסולרית, מחלקה כלכלית, מחלקת עיתונות ודיפלומטיה ציבורית, מחלקת מש"ב, מלגות וקורסים ומחלקת תרבות
מחלקת תרבות
מדינת ישראל היא מדינה בעלת עושר תרבותי, המשלבת את העתיק והמודרניארבעת אלפים שנות מורשת יהודית, יותר ממאה שנים של ציונות ויותר מחצי מאה של מדינה מודרנית, העניקו חיים לתרבות בעלת זה...
מחלקת עיתונות ודיפלומטיה ציבורית
מחלקת העיתונות והדיפלומטיה הציבורית של השגרירות אחראית על קידום, טיפוח וחיזוק היחסים בין השגרירות לבין המדיות החברתיות, המסורתיות והחדשות
מחלקת מש"ב וקורסים
שגרירות ישראל מספקת הזדמנות לאנשי מקצוע מפנמה להגיש מועמדות לקורסים בתחומים שונים באמצעות הסוכנות הסיוע הלאומית של ישראל במשרד החוץ (מש"ב)
המחלקה הקונסולרית
המחלקה הקונסולרית בשגרירות ישראל בפנמה מספקת שירותים קונסולריים לאזרחים ישראלים ולזרים כאחד
מחלקה כלכלית
תפקידה של המחלקה הכלכלית הוא לקדם, לשפר ולהקל על סחר דו-צדדי בין מדינת ישראל לפנמה והשקעות תעשייתיות בין שתי המדינות