Honduras e Israel tienen vigente acuerdos de cooperación en materia de educación, salud, seguridad, defensa y agricultura, entre otros.
A pesar de las posturas que ha manifestado Honduras a favor de Palestina en el conflicto de Medio Oriente a nivel internacional, estas no afectarían la relación diplomática con Israel ni el desarrollo de acuerdos suscritos entre ambas naciones.