שגרירות ישראל באקרה פועלת תחת המחלקות הבאות:
• מחלקה מדינית פוליטית
• מש"ב
• דיפלומטיה ציבורית (דיפ"צ)
• קונסולרית ומנהלה
• נספחות מסחרית כלכלית
• ליבריה וסיירה לאון
המחלקה המדינית פוליטית
המחלקה המדינית בשגרירות מובילה את השת"פ המדיני והפוליטי, ופועלת לחיזוק ולקידום היחסים הפוליטיים, הבילטרליים והמולטילטרליים עם גאנה, ליבריה וסיירה לאון.
קונסולרית ומנהלה
המחלקה הקונסולרית והמנהלה משרתות אזרחים ישראלים בחו"ל וכן מקומיים הזקוקים לשירות מהמדינות גאנה, ליבריה וסיירה ליאון.
עיתונות ודיפלומטיה ציבורית
מדור הדיפלומטיה הציבורית בשגרירות מוביל בחיבור בין עם ישראל לגאנה, ליבריה וסיירה לאון בתחומי התרבות השונים.